尽管牺牲者众多，但战火却仍未平息。离开主天使号的芙蕾，彷佛被难以割断的思念牵引，闯入自由敢达与天帝敢达的战场，最终在基拉面前，被古鲁泽无情袭击而丧生。无法保护应该守护之人的基拉悔恨不已，眼前却出现芙蕾的幻象。芙蕾的灵魂终于在最后时刻，与基拉心意相通了吗？ 另一方面，萨拉将创世纪的目标对准地球，可是在札夫特军当中，有人为了制止这种疯狂举动而挺身而出。阿斯兰为了阻止父亲，与卡嘉莲一起进入雅金・杜维，然而目睹的，却是萨拉被阻止他以创世纪虐杀敌人的军官射杀的场面。萨拉临死前低声咀咒自然人，之后便气绝身亡。 然而就算萨拉死亡也无法阻止失控的局面。与雅金的自爆连动的创世纪也开始启动。阿斯兰只身闯入创世纪，利用正义高达的核子引擎，将失控的创世纪破坏，计划成功。原本打算牺牲自己的阿斯兰被卡嘉莲制止，和她一起逃走。 与此同时，基拉和古鲁泽在最后一战中，互相向对方发出最后一击。札夫特中以卡纳巴为首的旧克莱因派呼吁停战，终于踏上和平之路。阿斯兰在惨烈的战场中感到绝望。 这时候，托利飞向宇宙，在他前面的是已变成残骸的自由敢达，还有基拉的身影…希望，仍然存在。